Ответ: Отвечая на вопрос, заметим, что Ваши рассуждения логичны и в целом верны с методологической точки зрения оценки. В то же время есть методы (способы) расчета в меньшее число действий (что должно приводить к меньшим погрешностям и субъективизму). Ваша логика имеет большое количество действий. При этом отметим, что более важным чем формально верно или неверно учитывать указываемые Вами моменты из теории оценки является «найти» ценообразующие факторы и корректно учесть их в оценке.

При Вашем способе расчета, можно получить некорректный результат, землю, не видя документов по аналогам, необходимо индивидуально оценивать по каждому, причем достаточно точно (без документов, без осмотра и т.д.).

Если это возможно, то, как правило, следует руководствоваться следующим.

1. Всегда есть площадь ЗУ, функционально обеспечивающего объект. Ситуация когда это только площадь застройки чуть-ли не под обрез фундамента – крайне редки (разве что офисное здание в застройке исторического центра города).
2. Для разных объектов требуемое отношение ЗУ к площади застройки разное, указывается в том числе в СНиПах. Например для пром-складских объектов – это 30-40––60-70%. Как правило, 40-60%, для специфических объектов может быть и 30-35% и 65-70%.

Поэтому, как правило, руководствуются следующим. Если застройка 4 000 кв.м, а земельный участок 9 000 кв.м, то принципиально лишней земли скорей всего нет. Надо разворачиваться еврофурам и т.д. Если у всех аналогов соотношение существенно отличается по земле, например хуже, то надо, конечно, делать корректировку. Но лучше делать корректировку, а не усложнять как Вы предлагаете.

Есть еще один важный момент – наиболее эффективное использование. Т.е. участок под площадью застройки плюс еще N% - строго для оцениваемого здания (это обосновывается в каждом случае индивидуально – СниПы и т.д. плюс схема и осмотр объекта. А часть земельного участка можно «изъять» от объекта и ничего собственно говоря не пострадает. Но подчеркиваем, что это должно быть S кв.м в северо-восточном углу, например, а не абстрактные 20% площади ЗУ.
Теперь зададимся вопросом какое НЭИ у «лишней» части ЗУ? Не всегда там можно и целесообразно строить отличающийся по площади объект такого же назначения как уже стоящий на земле. Ведь только в этом случае стоимость 1 кв.м. земли будет одинаковой у «необходимой» и «лишней» земли.
Если же то же самое «повторить» на «лишней» земле нельзя, то НЭИ двух частей ЗУ будет по сути разное, разная будет и стоимость.
Как вариант, НЭИ «лишней» части ЗУ – не строительство здания, а открытая складская площадка, т.к. под «лишней» землей – охранная зона инженерных коммуникаций.
Т.е. земля на которой можно строить здания более дорогая чем просто под площадку. Если забудем это учесть и добавим равную цену кв.м., то можем необоснованно стоимость, скажем, завысить. Пример, в котором можно сильно ошибиться при Вашем алгоритме (алгоритм совсем не ошибочный, просто в нем легче не увидеть важные факторы стоимости).
Объект – офисный особняк, застроено 600 кв.м, а участок 3 600 м. Если добавлять к скорректированной при сравнительном подходе цене 1 кв.м офисной площади еще 3 000 кв.м или 2 000 кв.м скорей всего ошибемся, если, скажем, застраивать эту площадь никак нельзя – природная культурная или историческая ценность.
Да, безусловно, 1 кв.м при прочих равных должен стоить дороже (по Москве процентов на 30), но если просто добавлять землю, то может получить и в 2 и в 3 раза больше, что будет явно ошибочным.

Ответ:
По нашему мнению и мнению большинства оценщиков наиболее корректным способом определения внешнего износа является разность между результатом сравнительного (доходного или их обобщения) подходов к оценке и затратного без учета внешнего износа.
В этой связи учитывать прибыль предпринимателя или не учитывать, т.е. обнулять – не так важно. Результат получится один и тот же.
Мысль г-на Яцкевича, на наш взгляд, является верной с точки зрения методологии. Прибыль на вложенные инвестиции условно равна нулю, т.к. на самом деле может быть отрицательной. При этом если в удельных показателях или смете не учитывается прибыль строителей – то необходимо дополнительно учитывать среднюю по рынку (отрасли) или отраслевым нормативам прибыль строительной организации (не доход на инвестиции, а именно наценка к затратам).
Поскольку если недальновидный инвестор заказывает строить объект, который будет стоимость меньше стоимости замещения, то строительная организация свою прибыль должна получить – иначе не согласиться строить.
Но в принципе это формальный момент – на результат это может никак не влиять (см.выше).